MacでiPodの音楽や動画のファイルをHDにバックアップするアプリって、有料のものが多いのですが、探していたら無料のものが見つかりました。
あくまで、とりあえずファイルをフォルダに分けてコピーするという機能しかないと思うのですが、リストの中から任意の曲、あるいはすべてを選択して「Extract」をクリックすると、指定した形式のファイル名、フォルダ名で保存できます。
Filename Templateというのを
<artist>/<album>/<title>
あたりにしておいたほうがよさそうです。デフォルトだと曲名の前にナンバリングされてしまいます。
再生回数やレート、正しいフォルダ形式などの再現、さらには完全なバックアップが必要な場合は有料のソフトでできるものがいくつもあると思います。